2003年10月理化学研究所由日本的特别法人变为独立行政法人。日本给独立行政法人制定出了3年到5年中应达到的业务运营目标来作为“中期目标”，并下达指示。独立行政法人为了达到“中期目标”要制定相应的“中期计划”，并得到主管部门的文部科学大臣的认定，而且法律规定每个事业年度都要向主管大臣提出事业年度计划。独立行政法人每年度的业务成绩是由日本政府设置的评估委员会来进行评价，“中期目标”期间结束后还要评估目标的完成度，根据这个评估结果来对理研作出包括废除等的决定。