| 1917年3月 |
作为日本最初的民间研究所，得到了皇室赠款、政府拨款、民间捐款，在东京都文京区驹入创建了财团法人的“理化学研究所” |
| 1948年3月 |
财团法人理化学研究所解散
成立“株式会社科学研究所” |
| 1958年10月 |
株式会社科学研究所解散，根据理化学研究所法的施行，成立特殊法人“理化学研究所” |
| 1963年3月 |
由国家出资开始从驹入迁入到现所在地埼玉县和光市 |
| 1984年10月 |
在筑波研究学园都市设立生命科学筑波研究中心 |
| 1986年10月 |
在和光市设立前沿研究系统 |
| 1990年10月 |
在仙台市设立光动力学研究中心 |
| 1993年10月 |
在名古屋市设立生物模拟控制研究中心 |
| 1995年4月 |
在英国Rutherford Appleton研究所（RAL）建造了μ介子科学研究设施，并成立了理研RAL支所。 |
| 1997年10月 |
在播磨科学公园都市设立播磨研究所，SPring-8开始共用
在和光市设立脑科学综合研究中心
在美国Brookhaven国立研究所（BNL）设立理研BNL研究中心。 |
| 1998年10月 |
设立基因组科学综合研究中心 |
| 2000年4月 |
设立横滨研究所
生命科学筑波研究中心改称为筑波研究所
设立植物科学研究中心
设立发生与再生科学综合研究中心
设立基因多型研究中心 |
| 2001年 |
设立生物资源研究中心 |
| 2001年 |
设立免疫与过敏科学研究中心 |
| 2002年 |
设立中央研究所
设立神户研究所 |
| 2003年 |
作为特殊法人的理化学研究所解散，成立独立行政法人理化学研究所 |
| 2005年 |
设立传染病研究网络支援中心
设立放射线科学综合研究中心 |
| 2006年 |
设立仁科加速器研究中心 |
