中国人和美国人很像，喜欢排名。排在中等的有很多大学，很多机构用自己的标准公布。虽然都没有太大的区别，但据说为了排名靠前，有的大学受到了“特殊照顾”。
        我也找到并列出了自然科学领域的学术机构前20名。但是，为了明确其公平性和透明性，首先我要阐明评价标准。
1、不管是否有名。
2、完全不考虑投入。研究经费的数额、院士的人数、校园的大小、留学生的人数、长江学者数等与研究成果无关，因此不做考虑。
3、只考虑产出。而且用是否为世界水平的基础研究成果来判断。具体来说，将《Science》、《Nature》等发表的论文数、基础研究成果10大新闻的中选、国家重点实验室的评价等分数化，选取这些分数合计后的前20所学术机关。现在，我们完全想像不出来会有什末结果出现，心里很期待。
        那末，让我们开始吧。
І　基础研究成果10大新闻
        科技部主编的杂志《中国基础科学》每年刊登基础研究成果10大新闻。我选择了2006年度的10个、2005年度的11个成果。每个被选中的成果给其实施机关加5分，几个机构合作的情况下，每个机构加2．5分。但是，2005年度的基础研究成果中的神舟六号载人航天飞船和西藏观测队的成果没有特定的学术机构，因此没有分值。

以下为两年度获得分数的合计，但由于版面关系5分以下的省略。

Ⅱ 基础科学研究快报
        科技部基础研究司每个月总结世界性杂志上刊登的国内外学者的论文中受关注的内容概要，作成《基础科学研究快报》,发给干部等相关人员。我以最近3个月的快报为对象，给刊登成果所在的学术机构打分。每个3分，共同研究的情况各记1．5分。7月的快报共有来自中国学术机构的成果13个，6月号14个,5月号16个。但是,3分以下的省略。

Ⅲ 一流杂志上刊登的论文
1、科学杂志《Nature》及其系列杂志
        学术机构单独发表论文的记4分，与其他机构合作论文的记2分，只是参加国际研究计划的记1分。对象为2006年中国大陆机构参与的44篇论文。但4分以下的省略。

2、科学杂志《Science》
        学术机构单独发表论文的记4分，与其他机构合作论文的记2分，只是参加国际研究计划的记1分。对象为2006年中国大陆机构参与的23期上的论文。但2分以下的省略。

3、美国科学学院院刊(PNAS)
        学术机构单独发表论文的记2分，与其他机构合作论文的记1分，只是参加国际研究计划的记0．5分。对象为2006年中国大陆机构参与的66期上的论文。但2分以下的省略。

4、物理学的一流杂志(PRL)
        学术机构单独发表论文的记2分，与其他机构合作论文的记1分，只是参加国际研究计划的记0．5分。对象为2006年中国大陆机构参与的144期上的论文。但由于版面的关系，4分以下的省略。

5、化学的一流杂志(JACS)
        学术机构单独发表论文的记2分，与其他机构合作论文的记1分，只是参加国际研究计划的记0．5分。对象为2005年中国大陆机构参与的130期上的论文。但由于版面的关系，6分以下的省略。

6、生命科学的一流杂志《Cell》及其系列杂志
        学术机构单独发表论文的记4分，与其他机构合作论文的记2分，只是参加国际研究计划的记1分。对象为2005年中国大陆机构参与的21期上的论文。但2分以下的省略。

Ⅳ 国家重点实验室
        中国科技部认定的国家重点实验室(中国的COE)超过200个。但有很多并没有达到世界性水准。但是，在这里，我们给国家重点实验室中具备“优秀实验室”的学术机构各记2分，共同设置的情况各记1分。

以下是我的评论。
1、清华大学的不佳成绩出人意料
        北京大学排首位可能是妥当的，但清华大学排在第八位是出人意料的。仅在大学的排名也只在第五位。2004年的SCI被引用次数也在中国国内排第四位，因此似乎有些停滞的倾向。可能是二战后大学改革中，自然科学领域的基础领域被分配给北京大学，应用开发被分配给清华大学这一影响依然存在。我们更希望在应用开发方面强的清华大学能够充实基础研究。另外，生命科学的论文数少也是清华大学成绩不佳的一个原因。我们可以看到北京大学在化学领域很强,而且几年前与北京医科大学合并的效果也呈现出来，各研究领域取得了平衡。
2、年糕就是年糕铺
        在物理方面较强的有物理研究所和中国科技大学，在生命科学方面较强的有神经科学研究所,在化学方面较强的有化学研究所和上海有机研究所。传统的力量被发挥出来。其他的数据也显示了中国化学领域的优势，但在这个领域的奋斗之所以有成就，我认为是研究经费比较便宜，合成、分析等依赖人的部分多。
3、化石学、地质学领域的奋斗
        南京地质古生物研究所以及脊椎动物与古人类研究所能进入前20位是因为恐龙等的化石研究，这主要是得益于地理上的优势。
4、地方的奋斗
        20位以内的大多是北京、上海、南京、天津的学术机构，但中国科技大学、大连化学物理研究所、厦门大学、山东大学这四个也挤进来了。从国土的均衡发展观点看，将来是乐观的。
5、中国前九名重点大学的差异
        前九名大学为清华大学、北京大学、哈尔滨工业大学、复旦大学、上海交通大学、南京大学、浙江大学、中国科技大学、西安交通大学。但这次的调查中没有进入到前20位的有哈尔滨工业大学、浙江大学、西安交通大学。由于哈尔滨工业大学属于国防科技委员会，所以可以预知本身发表的论文数少。浙江大学虽然进入了前21位，但西安交通大学连前40位都没有进入，因此可以预知为了内陆的发展，将被指定为重点据点大学。
6、特殊的研究所
        北京生命科学研究所是由北京市与中央政府在几年前共同设立的生命科学的专门研究所。PI基本上都是留美研究人员，采取美国式经营。可以说这是政府重视生物政策顺利实施的一个实证。
7、评价的目的不是排名
        像上面那样分析的话，以前看不到的东西显示就会显示出来。排在第几位并不是大问题。希望中国的学术机构在好的意义上竞争、切磋钻研、互相发展。

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